整合组学数据分析乳腺癌细胞与外周免疫系统的交互作用

摘要：

目的 探讨乳腺癌上皮细胞与外周血之间的交互作用.方法 从GEO数据库中获取乳腺癌上皮细胞及外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱.GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因,利用UniProt和STRING数据库对差异表达基因蛋白产物进行亚细胞定位,筛选乳腺癌细胞分泌蛋白及与其相互作用的PBMCs膜蛋白.Cytoscape软件构建互作网络.使用DAVID在线工具基因功能注释和KEGG通路富集方法对互作分子进行分析.结果 共筛选到101对相互作用分子,基因功能主要涉及细胞黏附、细胞迁移、白细胞激活、免疫反应等生物学过程,参与的信号通路主要有细胞外基质-受体相互作用,细胞因子-细胞因子受体相互作用,趋化因子信号通路等.其中FN1、ITGBI、FLT1、COMP、CXCL 12为关键蛋白.结论 利用生物信息学方法,整合组学数据,能够有效获取信息,为乳腺癌的治疗及预后监测的研究开辟新思路.

关键词：乳腺癌、外周血、生物信息学、分子对话

所属期刊栏目：44

分类号：R730.3;R737.9(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金81201702;四川省卫计委科研项目130295

在线出版日期：2017-05-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：243-247