胰腺癌血浆循环游离DNA甲基化预测模型的构建及应用

摘要：

目的:通过联合分析胰腺癌血浆循环游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)与胰腺癌组织甲基化样本,构建基于这些位点的胰腺癌模型,筛选具有潜在诊断和预后预测能力的cfDNA甲基化标志物.方法:采用甲基化DNA免疫共沉淀测序(methylatied DNA immunoprecipitation sequencing,MeDIP-seq)技术获取胰腺癌患者与健康人群血浆cfDNA样本的甲基化情况,并且筛选差异甲基化区域(differential methylation regions,DMRs)(P<0.05,log|FC|>1).使用GEO数据库中的组织甲基化450K数据(GSE49149)进行差异甲基化位点(differential methylation positions,DMPs)的筛选(P<0.05,|Δβ|>0.2).筛选位于启动子区且具有与DMRs相同靶基因和变化趋势的甲基化位点作为候选位点.采用Lasso算法进一步缩减候选位点,排除血浆背景干扰后,构建基于Lasso算法的胰腺癌诊断和预后预测模型.从TCGA数据库获取胰腺癌和癌旁组织450K数据作为独立测试集,以验证模型的诊断和预后预测效能.结果:构建基于5个甲基化位点的胰腺癌模型,该模型诊断胰腺癌的敏感度为87.4％,特异度为84.6％,并且能够有效地预测胰腺癌患者的预后(P=0.002).结论:基于cfDNA甲基化的液体活检技术可以有效提高胰腺癌的诊断效能,为胰腺癌的早期诊断提供新的思路和理论依据.

关键词：胰腺癌、游离DNA、甲基化、早期诊断、预后

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资助基金：上海市自然科学基金;转化医学国家重大科技基础设施课题;医工交叉研究基金;医工交叉研究基金;医工交叉研究基金

在线出版日期：2022-03-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：541-549