微RNA-193a-5p在食管癌中的表达及作用研究

摘要：

目的:应用生物信息学技术和临床样本鉴定微RNA (microRNA,miRNA,miR)-193a-5p在食管癌中的作用及表达情况,以期为食管鳞癌患者的早期预防、精确诊断和治疗提供有价值的分子生物学标志物.方法:采用美国国立生物技术信息中心基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)检索获得4个miRNA测序数据集(GSE59856、GSE59973、GSE97049和GSE114110)以及2个mRNA测序数据集(GSE17351和GSE20347)的芯片数据,利用R语言根据平台信息进行处理.应用生物信息学方法获得差异性表达的miRNA和mRNA,根据miRNA的靶基因预测网站获得miR-193a-5p的靶基因,结合基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析以及蛋白互作网络(protein-protein interaction network,PPI)等,分析miR-193a-5p所参与的主要通路及作用.采用实时荧光定量PCR法检测42例食管癌及其癌旁组织中miR-193a-5p的表达水平以进行验证.结果:生物信息学数据库分析发现,miR-193a-5p在食管癌组织中表达显著降低(P值均＜0.05),且主要参与细胞外基质组成、核分裂、细胞器裂变和影响金属内肽酶活性等生物学过程及分子功能;主要参与包括白细胞介素17(interleukin-17,IL-17)、转录失调、细胞周期以及核因子-κB(nuclear factorkappa B,NF-κB)等信号通路而发挥作用.miR-193a-5p在癌组织中相对表达量显著低于其在癌旁正常组织中的表达水平(P＜0.001),且miR-193a-5p的表达水平与食管癌患者的淋巴结转移和TNM分期显著相关(P值均＜0.05),而与性别、年龄、吸烟史、肿瘤大小和家族史之间无明显相关性(P值均＞0.05).结论:miR-193a-5p在食管癌组织中表达下调,miR-193a-5p可能通过靶向其潜在的靶基因在食管癌中发挥重要作用.

关键词：食管肿瘤、微RNAs、计算生物学、基因表达、miR-193a

所属期刊栏目：39

分类号：R735.1(肿瘤学)

在线出版日期：2019-11-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：784-794