利用加权基因共表达网络分析构建食管腺癌预后枢纽基因网络

摘要：

目的 利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建食管腺癌预后枢纽基因网络,筛选与食管腺癌预后相关的枢纽基因.方法 提取癌症和肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库中食管腺癌的标本数据,利用WGCNA匹配基因表达数据与临床预后数据,构建食管腺癌的基因共表达网络模块,并筛选出与预后最相关的模块和枢纽基因,再根据共表达权重系数大小在Cytoscape软件中进行可视化.结果 共获得9例正常食管组织和78例食管腺癌的标本,其中男67例,女11例;年龄28.0～86.6[68.4(58.0,77.1)]岁;TNM分期:Ⅰ期10例,ⅡA期9例,ⅡB期16例,Ⅲ期33例,Ⅳ期10例.共筛选得到的多个模块中深蓝色模块与预后最相关,在深蓝色模块中识别出19个枢纽基因(PAQR8、MAMDC4、CEP44、SCRG1、UGT2B15、NUDT9、FOLH1、SFTPB、FBXO8、TENM1、CASR、NEB、SMIM19、SLC20A2、RNF170、SCN2A、GOLIM4、ICK、DNAH2),并构建了枢纽基因的共表达网络.其中基因间共表达权重系数最大的3对基因分别是FOLH1和SCRG1、FOLH1和UGT2B15、FOLH1和SFTB.结论 利用WGCNA可识别与食管腺癌预后相关的枢纽基因,为食管腺癌的治疗提供新靶点.

关键词：食管腺癌、加权基因共表达网络分析、预后

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资助基金：湖州市公益性研究项目2018GY10;浙江省实验动物科技计划项目2018C37090

在线出版日期：2019-11-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：2181-2184,前插3