基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发

摘要：

夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物.为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125014条unigene序列中检测到26564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、 单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是(AG/CT)n.利用L16(45)正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应(SSR-PCR)体系:20.0μL含Taq酶0.6 U(1 U=16.67 nkat),镁离子(Mg2+)1.50 mmol·L-1,三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTP)0.25 mmol·L-1,引物0.20μmol·L-1,DNA 75 ng.针对所有EST-SSRs共设计出15585对符合要求的引物,随机选择了220对进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,其中120对(54.55%)成功扩增出产物,14对在不同种群个体中扩增出多态,平均扩增等位基因数为2.64,7对在同一种群个体中扩增出多态.这些多态引物的开发可为夏蜡梅的遗传分析提供更丰富的标记.图3表4参35

关键词：植物学、夏蜡梅、ESR-SSR、引物筛选、扩增体系、正交实验

所属期刊栏目：34

分类号：S718.4(林业基础科学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目31401902, 31101571

在线出版日期：2017-08-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：589-596