溶藻弧菌二氢硫辛酰胺脱氢酶基因克隆及其生物信息学分析
根据溶藻弧菌（Vibrio alginolyticus）二氢硫辛酰胺脱氢酶（dihydrolipoamide dehydrogenase，DLD）的基因序列设计1对特异性引物。PCR扩增结果显示，DLD（GenBank登录号AGK62253）全长1428 bp，共编码475个氨基酸残基。根据推导的氨基酸序列预测其分子质量约为50.998 ku，等电点为5.51。细胞定位、SignalP 4.0、TMHMM Server 2.0和SoftBerry-Psite预测结果显示，DLD位于细胞质中，在第29至30个氨基酸之间存在信号肽，不存在跨膜区，氨基酸序列含有1个Asn-糖基化位点、5个蛋白激酶C磷酸化位点、6个酪蛋白激酶II磷酸化位点等多个活性位点。系统进化树结果显示，溶藻弧菌DLD与副溶血弧菌（V. parahaemolyticus）聚为一簇。用Kyte-Doolittle亲水性参数、Karplus-Schulz柔韧性参数、Emini 表面可及性参数和Jameson-Wolf 抗原性参数分别预测，DLD可能的B细胞抗原优势表位分别是第5~10、106~110、120~125、158~163和175~180区段。利用SWISS-MODEL软件，模拟DLD亚基三维结构模型，结果显示其与大肠杆菌（Escherichia coli）DLD蛋白有相似构型。Kegg分析发现，其涉及糖酵解和糖异生等9条信号通路。从生物信息学角度验证了DLD作为弧菌共同抗原的可行性。
溶藻弧菌、基因克隆、二氢硫辛酰胺脱氢酶、生物信息学分析
Q785;S941.42(基因工程（遗传工程）)
国家科技支撑计划2012BAD17B02
2014-04-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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