肾形肾状线虫个体间rDNA内转录间隔区的变异

摘要：

利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫(Rot ylenchulus reni form is,RN) 种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因(rDNA)内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行PCR 扩增及序列变异分析.结果显示不同的群体间均获得2种PCR产物,标记为变异类型Ⅰ(RN_VAR1)和变异类型Ⅱ(RN_VAR2).基于每个群体内2条雌虫分别挑取各变异类型的5个克隆测序,共得到60个克隆序列.经序列比对分析,发现肾形肾状线虫rDNA基因2种类型的ITS区变异很大,其中变异类型Ⅰ序列长度为705～712 bp,鸟嘌呤和胞嘧啶(guanine and cytosine content,GC)含量为45.1％～46.7％;变异类型Ⅱ序列长度为854～860 bp,GC含量为48.4％～50.0％.2种类型的ITS相似度(包括5.8S RNA基因)仅为62.1％～65.6％,而各rDNA变异类型内部各个克隆序列也存在差异,变异类型Ⅰ内个体间相似度为89.9％～100％;变异类型Ⅱ内个体间相似度为91.4％～99.8％.系统进化分析表明2种变异序列明显分成2支,同时通过ITS序列分析无法将3个地方群体区分开来.经实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)检测发现RN VAR1含量稍大于RN_VAR2,分别占保守18S基因的rDNA重复单位含量的56％和40％.同时,还发现肾形肾状线虫的2种rDNA-ITS变异类型与已报道的2种18S RNA基因变异类型相对应,表明肾形肾状线虫存在2种rDNA变异类型.

关键词：肾形肾状线虫、rDNA、内转录间隔区、序列变异

所属期刊栏目：41

分类号：Q933(微生物学)

资助基金：国家自然科学基金31371921;国家重点基础研究发展计划973计划项目2013CB127501

在线出版日期：2015-07-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：252-260