数量性状位点定位和全基因组关联分析的方法与软件综述（英文）

摘要：

基因组学研究的主要目标是剖析复杂性状和疾病的遗传结构.数量性状位点( quantitative trait locus , QTL)定位和全基因组关联分析(genome-wide association study ,GWAS)已经应用于遗传育种和药物研制,分析复杂性状和复杂疾病的遗传结构.本文回顾了分析复杂性状和复杂疾病的QTL定位和GWAS的作图方法和软件.PLINK ,TASSEL ,SNPassoc ,GenABEL 和 ProbABEL 是流行的软件,为 GWAS 提供了许多有用的功能. PLINK是目前最流行的开源全基因组关联分析的工具集,它聚合了用于分析SNP数据的许多功能.TASSEL是另一种流行的软件,整合了Q＋ K关联分析的诸多方法.SNPassoc、GenABEL和 ProbABEL是应用于关联分析的开源代码 R 软件包.本文对上述提及的 GWAS 关联分析流行软件作了简要介绍,并介绍了新研制的QTXNetwork分析软件,它可分析QTL和GWAS定位数量性状SNP(QTS)、数量性状转录子(QTT)、数量性状蛋白子( QTP)和数量性状代谢子( QTM ).本文还介绍了一些常用的分析软件,例如 Windows QTL Cartographer ,QTL Express ,Map Manager QTX ,R/qtl和QTLNetwork .

关键词：复杂性状、连锁定位、关联定位、QTXNetwork软件

分类号：Q939.96(微生物学)

资助基金：the National Basic Research Program of China 973.2010CB126006 and 2011CB109306;the National Science Foundation of China.31371250

在线出版日期：2014-08-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：379-386