鮸鱼全长均一化cDNA文库的构建及EST序列信息学分析

摘要：

采用双链特异性核酸酶(DSN)均一化技术与SMART技术相结合,以经过鳗弧菌感染后获得的娩鱼脾脏材料构建均一化全长cDNA文库.该原始文库约含有7.5×106个重组子,插入片段在1～3kb之间,文库滴度为1.6×106 CFU.mL-1.从文库中随机挑选5 952个克隆进行测序,共获得5 053条表达序列标签(EST),其中高质量序列4 609条.对序列进行组装后,发现非冗余基因序列3 221条,重叠群656个,单拷贝序列2 565条,冗余率为30.11％.对全部序列分析后发现,其平均读长为550 bp,大部分序列长度在500～599 bp之间,GC含量大部分分布于40％～60％之间.1 397个基因能够进行GO( gene ontology)功能注释,并初步筛选到大量与免疫功能相关的蛋白家族及功能域的基因序列,为进一步娩鱼分子育种奠定了基础.

关键词：娩鱼、脾脏、均一化cDNA文库、表达序列标签

所属期刊栏目：37

分类号：Q785(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金资助项目31001120;浙江省自然科学基金资助项目Y3100013;浙江省优先主题资助项目2011C14012

在线出版日期：2012-03-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：603-609