抗癌药物基因组学知识表示模型构建

摘要：

目的:通过构建抗癌药物基因组学知识表示模型,丰富药物、基因、疾病以及个性化用药等之间的语义关系,为临床医生精准用药、联合用药等提供参考依据,为药学科研人员开展新药研发、老药新用等研究提供理论支持,为癌症患者查询药物知识提供服务支撑.方法:对DrugBank、RxNorm、FDA药品说明书等药物基因组数据进行整合和抽取,在通用药物基因组学知识表示模型的基础上,涵盖药物、基因、疾病3个基本维度,并拓展个性化用药、药物副作用等知识维度,设计知识表示框架,确立相关实体类型,发现和定义实体与实体之间的语义关系.在构建好的抗癌药物基因组学知识表示模型的基础上,以黑色素瘤相关药物为例,对知识表示模型进行填充,并对实体和实体间语义关系进行可视化表达.结果:实现了药物、基因、疾病、个性化用药、药物副作用5类实体的概念抽取,定义了实体间的15种语义关系,构建了黑色素瘤药物基因组学相关的136个知识三元组.结论:面向抗癌药物精准用药的药物基因组学知识表示模型可以确定癌症用药与基因突变、人群、药物副作用之间的关联和推动药物基因组学知识在临床研究中的应用.

关键词：药物基因组学、知识模型、信息整合、抗癌药物、知识抽取、语义关系、知识整合、可视化分析

所属期刊栏目：28

分类号：R979.1;R91(药品)

资助基金：国家重点研发计划"精准医学本体和语义网络构建"2016YFC0901901;国家自然科学基因"基于深层网络的药物基因组学信息整合与药效预测研究"81601573;中国工程科技知识中心建设项目"医药卫生专业知识服务系统"CKCEST-2019-1-10;互联网医疗系统与应用国家工程实验室"面向跨院的电子病历数据融合关键技术与标准研究"NELIMSA2018P02;新闻出版业科技与标准重点实验室"医学融合出版知识技术重点实验室"

在线出版日期：2019-12-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1-7