基于高通量测序技术的非小细胞肺癌常见基因位点突变分析

摘要：

目的 利用高通量测序平台研究非小细胞肺癌(NSCLC)热点基因突变情况,系统性分析突变位点的分布、类型以及频度,评估突变位点致病性.方法 本研究共纳入94例NSCLC组织样本,均为2015年7月至2017年4月在山东大学齐鲁医院胸外科收集的非小细胞肺癌(NSCLC)石蜡包埋(FFPE)和新鲜组织样本.患者年龄在35～82岁之间,年龄中位数是61岁.男性63例,女性31例.选择22个基因:KRAS、EGFR、BRAF、PIK3CA、AKT1、ERBB2、PTEN、NRAS、STK11、MAP2K1、ALK、DDR2、CTNNB1、MET、TP53、SMAD4、FBXW7、FGFR3、NOTCH1、ERBB4、FGFR1和FGFR2.用Thermo fisher公司Ion Torrent测序平台的Ion Ampli Seq Colon and Lung Cancer Panel进行测序.Ion Torrent平台测序数据使用Ion torrent suite v4.4.2软件进行分析.结果 在NSCLC常见的22个突变基因中,TP53基因突变频率最高,约占所有突变的46.9％,其次是EGFR基因(占28.1％);共检测出89种突变,包括63种热点突变(已报道的位点)和26种新发突变(未见报道的位点),其中检出频率最高的是EGFR基因的19号外显子缺失突变,其次是EGFR基因的Leu858Arg;分析EGFR基因的靶向用药位点的突变情况,结果显示EGFR的19号外显子的缺失突变检出次数最高,其次是21号外显子L858R突变;利用生物信息学软件分析了26种新发突变的致病性,结果显示除ATK1:c.47-12G>A和TP53:c.214C>G这两个位点以外,剩余的24种新发突变位点在基因保守性、氨基酸序列变化、蛋白结构影响三个方面至少有一项会对基因的功能产生重大影响.结论 本研究通过NGS对NSCLC多个敏感基因的突变位点进行联合检测,更能全面覆盖基因变异情况,为筛选最适宜靶向治疗的群体提供依据.新发突变的致病性预测以及所涉及的肿瘤相关信号通路的改变,为后续为进一步研究NSCLC致病机制提供参考.

关键词：癌、非小细胞肺、肺肿瘤、高通量核苷酸序列分析、突变

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资助基金：山东省重点研发计划2016CYJS01A02,2016GSF201165;Shandong Key Research and Development Program2016CYJS01A02, 2016GSF201165

在线出版日期：2019-06-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：297-305