特应性皮炎外周血单个核细胞潜在生物标志物的筛选及初步验证

摘要：

目的:探索特应性皮炎（AD）与健康对照者外周血单个核细胞（PBMC）转录组差异，筛选出AD潜在的生物标志物并进行初步验证。方法:收集2021年1月至2022年5月在重庆医科大学附属第三医院皮肤整形美容中心9例AD患者及10名健康对照者的外周血，提取PBMC后以RNA转录组测序（RNA-seq）技术进行转录组测序及相对表达量测定，通过对差异表达基因（DEGs）进行基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）及蛋白互作网络（PPI）分析筛选出生物标志物候选基因并进行实时荧光定量PCR（qRT-PCR）进行初步验证。结果:病例组患者的年龄［
M（
Q1，
Q3）］为26.50（22.75，30.50）岁，病程［
M（
Q1，
Q3）］为15（10，20）年。健康对照组的年龄［
M（
Q1，
Q3）］为37.00（27.75，40.25）岁。相对于健康对照者，AD组共检测出DEGs 1 044条，其中上调基因668条，下调基因376条，DEGs经差异可变剪切（AS）分析显示外显子选择性跳跃（46.74%）及外显子跳跃（31.01%）占比较大，GO富集分析显示DEGs主要与炎症反应相关，KEGG富集分析显示DEGs主要与细胞因子相互作用及信号通路相关。综合富集分析及PPI分析筛选出趋化因子C-C基序趋化因子配体4（CCL4）、C-C 基序趋化因子受体3（CCR3）、C-X-C 基序趋化因子受体 5（CXCR5）、核因子κB抑制因子-α（NFKBIA）、C-X-C基序趋化因子配体1（CXCL1）、白细胞介素1B（IL-1B）、C-C基序趋化因子配体20（CCL20）、淋巴细胞抗原96（LY96）作为AD生物标志物的候选基因，qRT-PCR验证显示上述细胞因子及细胞因子受体mRNA相对表达量与转录组测序结果趋势一致。
结论:CCL4、CCR3、CXCR5、NFKBIA、CXCL1、IL-1B、CCL20、LY96可能为AD的潜在生物标志物，参与AD的发生及发展。

关键词：皮炎，特应性、外周血单个核细胞、生物标志物、RNA转录组测序

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资助基金：重庆英才计划“包干制项目”cstc2021ycjh-bgzxm0291;Natural Science Foundation of Chongqing, Chinacstc2021ycjh-bgzxm0291

在线出版日期：2024-01-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：3033-3040