辽宁省99例人类免疫缺陷病毒1感染者gag-pol区基因序列分析

摘要：

目的 研究辽宁省人类免疫缺陷病毒/艾滋病(HIV/AIDS)患者gag-pol区的基因序列特征.方法 采集辽宁省99例HIV-1感染者外周静脉血,提取前病毒DNA,经巢式PCR方法扩增gag-pol区2.6 kb片段,与HIV S序列数据库中亚型参考序列共同构建系统进化树以区分亚型,并计算gag-pol区不同编码区域的基因离散率和Ks/Ka比值.结果 在辽宁省99例HIV-1感染者中发现A、B'、B、C、G 5种亚型,循环重组型CRF01_AE、CRF03_AB、CRF06_cpx、CRF07_BC、CRF08_BC 5种循环重组型和循环重组型间的重组ICR07/08.以B'亚型最多见,其次为CRF01_AE.在gag-pol区内,p17区、p2-p6区基因离散率高于p24区、蛋白酶及逆转录酶编码区.但B亚型p24区基因离散率处于较高水平.CRF07_BC和CRF08_BC在gag-pol各区基因离散率及同义替换、错义替换普遍处于较低水平.各亚型毒株的p2-p6区的Ks/Ka值最低,其均值＜1,而CRF01_AE毒株RT区的Ks/Ka值高达10.45.结论 辽宁省流行的HIV-1 gag-pol区亚型十分复杂.p24、蛋白酶及逆转录酶编码区是更为保守的区域.B亚型毒株的p24区承受较大的正向选择压力,CRF01_AE毒株RT区承受了较大的负向选择压力.CRF07_BC和CRF08_BC传入辽宁省的时间较短,奠基者效应明显.

关键词：HIV-1、基因、序列分析

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分类号：R5(内科学)

资助基金：国家科技攻关项目2004BA719A12;国家重点基础研究发展计划973计划2004CCA02000;高等学校博士学科点专项科研项目20040159005

在线出版日期：2007-08-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1966-1970