应用寡核苷酸芯片鉴别肺鳞癌Ⅰb期特异相关基因

摘要：

目的建立Ⅰb和Ⅲa期肺鳞癌的基因表达谱并筛选肺鳞癌Ⅰb期特异相关基因.方法收集肺正常、临床Ⅰb和Ⅲa期肺鳞癌组织,分别组成样品池,提取其总RNA并制备cDNA,合成生物素标记的cRNA探针,与人U 133A寡核苷酸基因芯片进行杂交,以MSV 5.0 软件对其结果进行分析处理,在Affymetrix 数据库进行信息查询,并以逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)验证芯片检测结果.结果按照多组平行比较的原则进行共筛选,以信号值对数比(signal log ratio,SLR)均大于1为筛选标准,肺鳞癌差异表达基因:Ⅰb期共计1764个,其中上调571个,下调1193个;Ⅲa期共计554个,上调128个,下调426个.相对于Ⅲa期基因表达谱,Ⅰb期特异的差异表达基因共有1329个,其中上调482个,下调847个,对其进行生物学功能分类,其中代谢相关480个,信号转导227个,细胞增殖136个,免疫相关136个,细胞黏附94个,转录调控88个,细胞周期86个,细胞骨架73个,细胞分化45个,细胞凋亡42个,胞外基质31个.FOXM1和TNXB基因的RT-PCR检测结果与基因芯片检测结果一致.结论在全基因组范围内建立了Ⅰb和Ⅲa期肺鳞癌的基因表达谱并筛选了肺鳞癌Ⅰb期特异相关基因,为进一步的癌变机制研究和鉴定肺鳞癌早期诊断分子标记物奠定了基础.

关键词：肺肿瘤、基因表达、寡核苷酸芯片

所属期刊栏目：85

分类号：R73(肿瘤学)

资助基金：广东省广州市科技计划2002JI-CO121

在线出版日期：2006-01-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：2623-2628