新型冠状病毒N亚基因组荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

摘要：

目的:建立一种快速检测新型冠状病毒N亚基因组（SgN）的方法，探讨其在新型冠状病毒肺炎病例及环境样本中的应用价值。方法:根据全球共享流感数据库（GISAID）公布的新型冠状病毒全基因组序列设计SgN特异性引物和探针，优化退火温度、引物与探针浓度等反应条件，建立新型冠状病毒SgN荧光定量PCR检测方法，绘制标准曲线，评价该方法的灵敏性、重复性和特异性。采用建立的病毒SgN荧光定量PCR检测方法检测21份环境和351份临床样本，并选取25份SgN阳性样本进行病毒分离以评估该检测方法的应用效果。结果:SgN的引物和探针对新型冠状病毒具有良好特异性。初步建立的病毒SgN荧光定量PCR检测方法最低检测限为1.5×10
2copies/ml，变异系数小于1%。372份样本的gRNA阳性率为97.04%（361/372），gRNA阳性样本中阳性环境样本和阳性临床样本的SgN阳性率分别为36.84%（7/19）和49.42%（169/342）。其中野生型毒株样本的SgN阳性率及拷贝数均比德尔塔（Delta）毒株低。在25份SgN阳性样本中，采样时间在5 d内的12份样本均分离到病毒；13份采样时间在12 d以上的样本未发生细胞病变。
结论:成功建立了一种检测新型冠状病毒SgN的荧光定量PCR方法，该方法的灵敏度、特异性和重复性均较好。

关键词：新型冠状病毒、N亚基因组、荧光定量PCR

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资助基金：江苏省卫生健康委重点科研项目ZD2021060;江苏省自然科学基金BK20191489，BK20211373;江苏省社会发展面上项目BE2020719;Key Scientific Research Project of Jiangsu Provincial Health CommissionZD2021060;Natural Science Foundation of Jiangsu ProvinceBK20191489, BK20211373;Project of Social Science Foundation of Jiangsu ProvinceBE2020719

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：268-272