浙江省一株发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒分离株全基因组测序及分子进化分析

摘要：

目的 对一株发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(SFTSV)浙江分离株进行全基因组测序和分子进化分析.方法 从浙江省CDC采集1例SFTSV感染疑似病例的急性期全血标本,提取标本的病毒RNA并用荧光定量RT-PCR方法检测,分离得到SFTSV分离株.RT-PCR扩增覆盖全基因组的17个重叠基因片段,使用Geneious基因分析软件对测序结果进行剪辑和拼接.从GenBank 数据库中获取各地SFTSV全基因组序列,采用RAxML软件及MEGA软件对分离株基因组核苷酸序列与GenBank已经公布的SFTSV核苷酸序列和白蛉病毒属部分其他病毒进行比对,并构建进化树,进行同源性分析.结果 荧光定量RT-PCR鉴定该疑似病例为阳性,并成功分离获得SFTSV毒株,命名为Zhejiang/01/2011株.对Zhejiang/01/2011株进行RT-PCR扩增并测序拼接得到全基因组cDNA序列,Zhejiang/01/2011株基因组核苷酸序列共有S、M、L3个片段.其中S片段为1 745个核苷酸,M片段为3 378个核苷酸,L片段为6 368个核苷酸.分子进化分析结果显示,Zhejiang/01/2011株与Japan/SPL004A/2013株相似性最高,其中S片段相似性为98％,M片段为97％,L片段为98％.白蛉病毒属基于3个片段分子系统进化树均显示,Zhejiang/01/2011株与白蛉病毒属部分病毒株中所有的SFTSV病毒株聚集在一起.结论 笔者成功对Zhejiang/01/2011株进行了测序和分子进化分析.Zhejiang/01/2011株是SFTSV,属白蛉病毒属,且其与日本分离株在同一分支,相似性较大,与国内其他地区分离株不在同一分支,差异较大.

关键词：布尼亚病毒科、逆转录聚合酶链反应、进化、分子、发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒、全基因组测序

所属期刊栏目：48

分类号：S855.3;R373.33;R511

资助基金：浙江省科技厅重大专项;浙江省重点科技创新团队项目;浙江省自然科学基金;浙江省卫生高层次创新人才培养工程项目

在线出版日期：2014-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：612-616