胎儿弯曲菌龟亚种中国分离株的种群结构、毒力基因及耐药性分析

摘要：

目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种(
Campylobacter fetus subsp.
testudinum，
Cft)的分子流行病学特征。
方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球
Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析
Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建
Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释
Cft的耐药及毒力基因；
E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。
结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株
Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球
Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在
Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统
virB4、
virB9、
virD4因子及
tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明，
Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。
结论:全球
Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。

关键词：基因组测序分型、分子流行病学、毒力基因

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资助基金：广东省基础与应用基础科学基金2021A1515110857;Guangdong Basic and Applied Basic Research Foundation2021A1515110857

在线出版日期：2024-01-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：582-588