基于RNA测序数据筛选与呼吸道合胞病毒毛细支气管炎疾病严重程度相关的核心基因

摘要：

目的:通过RNA测序(RNA-sequencing, RNA-seq)获取表达数据，并通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis，WGCNA)筛选与呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus，RSV)毛细支气管炎患儿疾病严重程度相关的核心基因，为预测RSV感染病情提供参考。方法:将2019年10月1日—2020年2月29日在温州医科大学附属第二医院住院的22例RSV毛细支气管炎患儿作为病例组，根据病情分为轻度组、中度组及重度组，以22例健康儿童作为对照组，收集全血白细胞总RNA进行RNA-seq，比较不同严重程度患儿与对照组的差异表达基因(differentially expressed genes，DEGs)，寻找与疾病严重程度相关的基因共表达模块，筛选能评估疾病严重程度的生物学指标。结果:22例患儿中位年龄3个月，男19例，女3例，对照组中位年龄4个月，男14例，女8例，两组年龄及性别差异无统计学意义。轻度组8例，中度组和重度组各7例。通过显著性分析发现轻度组有416个DEGs，中度组有586个，重度组有846个。根据WGCNA分析发现10个共表达模块，其中棕色模块与疾病严重程度存在明显相关性(
r＝0.62，
P<0.001)。进一步对棕色模块中的DEGs进行蛋白质互作(protein-protein interaction, PPI)网络构建并根据基因节点的连接度筛选出前30个核心基因，其中关联度较大的为基因
RBX1和
PSMA7。
RBX1、
PSMA7基因在重度组中表达上调，在轻、中度组中的表达与对照组比较差异无统计学意义。
结论:RBX1和
PSMA7基因可能是RSV毛细支气管炎疾病严重度的生物学预测指标。

关键词：RNA测序、加权基因共表达网络分析、呼吸道合胞病毒、毛细支气管炎、疾病严重程度

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资助基金：浙江省基础公益技术研究计划项目LGF20H010004;温州市基础性科研项目Y20190437;温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院贺林院士工作站科研基金重点项目18331103;Basic Public Welfare Technology Research Project of Zhejiang ProvinceLGF20H010004;Basic Scientific Research Project of WenzhouY20190437;Key Project of Scientific Research Fund for Helin Academician Workstation of the Second Affiliated Hospital and Yuying Children′s Hospital of Wenzhou Medical University18331103

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：396-403