天津滨海新区本土疫情新型冠状病毒全基因组测序和溯源分析

摘要：

目的:对引起天津滨海新区本土新型冠状病毒肺炎(COVID-19，简称新冠肺炎)疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2，简称新冠病毒)进行全基因组溯源及变异情况分析。方法:对2020年11月7日至12月5日采集的天津滨海新区新冠肺炎疫情1例本地无症状感染者和5例确诊病例咽拭子样本进行全基因组高通量测序，De novo拼接测序数据，使用MAFFT v7.0多重序列比对程序和MEGA X软件对上述数据进行比对和构建系统进化树(Neighbor-joining法)。结果:6株新冠病毒序列与武汉参考序列(Wuhan-Hu-1)基因相似度均大于99.9%；6株病毒中2株基因完全相同，符合L基因型欧洲家系分支Ⅱ.1(北美分支)/B.1特征；另外4株基因完全相同，符合L基因型欧洲家系分支Ⅰ/B.1.1特征，此6株新冠病毒序列分属不同的进化分支，为两条不同的传播链。6株新冠病毒序列共有18个核苷酸突变位点，其中8个位点是同义突变，9个位点为错义突变，产生9个氨基酸突变位点，均发现RdRp-P323L、S-D614G重要变异位点。结论:本研究中天津滨海新区新冠肺炎疫情为两起事件，6株新冠病毒序列分属不同的进化分支，为两条不同的传播链。提示可能来源于搬运工人接触了已污染新冠病毒的不同来源进口冷链物品。6株新冠病毒序列均有P323L、D614G突变，病毒突变、传播能力更强，应持续加强天津冷链重点从业人员及本土、输入性病例的监测。

关键词：新型冠状病毒、新型冠状病毒肺炎、冷冻食品、P323L、D614G

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资助基金：天津市卫生健康委新冠肺炎防治科技项目2020xkm01;天津市科技计划项目20JCZDJC00130;Tianjin Municipal Commission of Health COVID-19 Prevention and Control Technology General Project2020xkm01;Science and Technology Program of Tianjin, China20JCZDJC00130

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：581-587