湖北襄阳2016—2017年埃可病毒11型流行株基因特征分析

摘要：

目的:对2016—2017年中国湖北襄阳地区分离的埃可病毒11型(Echovirus 11，Echo11)基于VP1基因进行分子进化特征分析。方法:采集2016—2017年中国湖北襄阳地区手足口病患儿肛拭子或咽拭子标本，应用real-time RT-PCR技术对肠道病毒阳性样本进行筛选，对肛拭子或咽拭子样本进行病毒分离。采用常规RT-PCR方法对在人横纹肌瘤细胞上分离的Echo11病毒襄阳流行株VP1区和3株代表株全长基因扩增并进行序列分析，使用DNAStar7.0软件包中的MegAlign、MEGA6.0中的Data和Phylogeny软件对核苷酸和氨基酸序列同源性、突变位点进行分析和构建系统进化树等。使用SimPlot软件进行重组分析，对3株代表株全长序列和GenBank中下载的核苷酸序列进行BootScan扫描，生成相似性图。结果:本研究从3 494份手足口病患儿样本中共分离出Echo11病毒11株，占比0.31%。11株Echo11流行株的VP1基因同源性比较高。核酸序列和氨基酸序列同源性分别为98.4%～100.0%和98.3%～100.0%。11株Echo11襄阳流行株与Echo11原型株(Echo11/ Gregory，X80059)核酸序列和氨基酸序列同源性分别为73.9%～74.8%和87.7%～88.7%。襄阳地区流行的Echo11毒株均属于D进化分支，与中国大陆部分地区2013年以来的流行株亲缘关系相近。襄阳流行株和2010年Echo1河南流行株和2015年的Echo6湖北流行株在多个区域有较高的相似度，说明襄阳流行株基因组的多个区域可能发生了重组。结论:襄阳地区流行的Echo11毒株均属于D进化分支，2016—2017年襄阳地区流行的Echo11是重组株。

关键词：埃可病毒11型、VP1、进化分析、肠道病毒、重组

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资助基金：湖北省技术创新专项（重大专项）2017ACA078;Technological Innovation Special Project of Hubei Province2017ACA078

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：133-142