单基因组测序分析病毒学失败HIV-1感染者耐药发生特征研究

摘要：

目的:用单基因组测序技术分析HIV-1感染者体内基因型耐药动态变化，了解耐药相关突变发生特征。方法:对4例抗逆转录病毒治疗失败病例及其基线冻存血浆样本进行标准基因型耐药检测和共享测序。采用倍比稀释法进行
pol基因片段单基因组扩增和测序(SGS)，分析准种变异和耐药动态变化特征。获得的基因序列用斯坦福大学HIV耐药数据库判断基因型耐药及耐药程度解析。
结果:NA2302-00病例存在传播性耐药突变(TDR，M184//G190A突变型)，在治疗5个月后突变位点增多并导致治疗失败。3例未检测到TDR，但是CD4细胞计数均低于200个/μl，在治疗4～6个月后出现获得性耐药和治疗失败。所有病例均对所服用的拉米夫定和依非韦伦药物存在高度耐受，2例对替诺福韦高度耐受。从4个病例的治疗基线和失败两个采样时间点血浆样本中共获得291条
pol基因SGS序列。2个无TDR的病例基线样本SGS序列存在劣势耐药相关突变(2.4%～2.9%)，但这些突变在随访样本中未检测到。NA2302-00的27条SGS序列均检测到该TDR突变型。治疗失败样本SGS序列表现出复杂的准种变异，进化为不同耐药突变型。2个病例的治疗失败样本SGS序列突变型为1～2个，另2个病例分别有4和13个突变型，>20%优势毒株突变型各2个。4个病例在更换蛋白酶抑制剂为主的二线药物后，维持较好的病毒抑制效果。
结论:单基因组测序可以揭示感染者体内毒株准种变异和耐药发生特征。在药物选择压力下，感染者体内病毒发生适应性进化，产生复杂的耐药相关突变模式，尤其需要加强艾滋病期感染者治疗第一年的随访和监测。

关键词：人类免疫缺陷病毒、抗逆转录病毒治疗、基因型耐药、单基因组测序、共享测序

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资助基金：北京市自然科学基金7202074;北京市科技计划项目D161100000416002;国家自然科学基金81273136;Beijing Municipal Natural Science Foundation7202074;Beijing Municipal Science and Technology ProjectD161100000416002;National Natural Science Foundation of China81273136

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：916-922