广东省新型冠状病毒全基因组序列测定及其影响因素分析

摘要：

目的:对呼吸道标本中新型冠状病毒进行二代测序(NGS)，获取基因组序列并分析测序影响因素。方法:2020年1月，收集广东省新型冠状病毒感染病例的上呼吸道和下呼吸道标本共计8份，运用RNA建库的方法进行测序，获得新型冠状病毒的基因组序列，采用生物信息学软件包(CLC Genomics Workbench 12.0)对基因组序列进行分析比较。结果:从8例呼吸道标本中获得5个新型冠状病毒基因组序列，其中2份来自下呼吸道标本。与新冠病毒的核苷酸同源性为97.74%～99.90%。Ct值低的样本，测序深度、覆盖度和相对丰度高。结论:标本中新型冠状病毒的Ct值低，测序质量好。

关键词：新型冠状病毒、二代测序、影响因素

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资助基金：广东省自然科学基金2019A1515012121;广东省医学科学技术研究基金项目A2017482;Natural Science Foundation of Guangdong Province of China2019A1515012121;Medical Science and Technology Research Foundation of Guangdong Province of ChinaA2017482

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：174-177