不同样本测序前处理方案对冠状病毒基因组高通量测序结果的影响

摘要：

目的:以基因组最大RNA病毒(冠状病毒)为代表，研究不同测序前样本处理模式对高通量测序获得病毒全基因组序列信息质量的影响。方法:以细胞培养的人冠状病毒HCoV-OC43样本为代表，分为4种测序前样本处理模式，即：未处理组、核酸提取前DNase和RNase处理组、核酸提取后DNase处理组、核酸提取前DNase和RNase处理且核酸提取后DNase处理组。不同模式处理后的核酸分为两份，一份直接RNA测序(未扩增)，另一份经序列非依赖的单引物扩增(SISPA)后DNA测序。结果:尽管不同处理方式下获得的病毒基因组覆盖率差别不大，但是样本核酸提取后经DNase处理组直接测序获得了最高的基因覆盖度和测序准确性，而SISPA扩增可有效提高病毒测序读长(reads)比例与基因组各位点的测序深度。结论:本研究为优化冠状病毒等RNA病毒全基因组测序策略提供了技术参考。

关键词：人冠状病毒、序列非依赖的单引物扩增、全基因组测序、高通量测序

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资助基金：国家科技重大专项2017ZX10104001-002-003, 2018ZX10713002;National Science and Technology Major Project2017ZX10104001-002-003, 2018ZX10713002

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：103-109