云南省一株CRF01_AE/B/C独特重组毒株近全长基因序列分析

摘要：

目的 分析云南省新发现的1个HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点.方法 在云南省2016年HIV基因型耐药检测样本中,发现1例患者体内HIV-1毒株pol区存在重组片段,运用RT-PCR的方法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列.使用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析,同时采用MEGA6.06软件共同构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析.结果 共获得长度为8590 bp的HIV-1近全长基因序列,断点分析表明该序列由CRF01_AE、B和C亚型片段组成,其中CRF01_AE作为骨架,插入B和C亚型片段,对应HIV-1 HXB2的位置分别是791～1171为CRF01_AE,1172～2652为C,2653～2977为B,2978～9380为CRF01_AE.结论 云南省近年来发现了部分由CRF01_AE、B和C亚型交叉重组形成的新型毒株,而本研究发现的这个毒株重组模式复杂,提示我们应密切监测流行趋势变化,这对于了解当前HIV-1流行情况和变化趋势具有重要意义.

关键词：人类免疫缺陷病毒1型、独特型重组、近全长基因序列分析

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资助基金：十三五国家科技重大专项2018ZX10721102-002;云南省医疗卫生单位内设研究机构项目2017NS124;云南省教育厅科学研究基金项目2018JS252;National Key Technologies R&D Program of China during the 13th Five-year Plan Pe-riod2018ZX10721102-002;Programs of Research Institutions of Yunnan Medical and Health Department2017NS124;Yunnan Education Department Scientific Research Fund2018JS252

在线出版日期：2019-09-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：601-607