柯萨奇病毒 A2型深圳株 SHZH13-01全基因组序列特征分析

摘要：

目的：了解深圳地区柯萨奇病毒A2型（ CVA2） SHZH13-01株的基因特征，研究CVA2的进化及变异状况。方法应用RT-PCR法扩增SHZH13-01株全基因组，PCR产物纯化后进行序列测定和基因进化分析。结果 CVA2-SHZH13-01株的全基因组由7400个核苷酸组成，编码2191个氨基酸。病毒的5′非编码区（UTR）、P1（VP1～VP4）、P2、P3、3′非编码区和全基因组的核苷酸与近年香港分离的新型重组CVA2-HK（431306）序列同源性最高，分别为98．3％、98．8％、99．0％、99．2％、98．8％，98．9％。而与其他肠道病毒相比，SHZH13-01在结构蛋白P1区与CVA2国际原型株Fleet-wood同源性最高，达81．6％，而在非结构蛋白区P2、P3与EV71病毒来自同一分支，同源性达82．8％～88．7％。根据系统进化分析，深圳SHZH13-01病毒株属于CVA2-HK（431306）病毒变异株。通过与CVA2-HK（431306）衣壳区氨基酸比对，CVA2-SHZH13-01的变异位点变化情况为： aa5L→F， aa666S→G， aa671T→I。结论柯萨奇病毒A2型深圳株SHZH13-01属于香港新型重组CVA2-HK（431306株）的变异株。

关键词：柯萨奇病毒A2型、全基因组、序列分析

分类号：R51;R54

资助基金：深圳市科技创新委基础研究项目JCY20130329160443121

在线出版日期：2014-11-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：770-773