人冠状病毒 NL63中国株的全基因组克隆与序列分析

摘要：

目的：对来自北京儿童医院的两份人冠状病毒NL63（human coronavirus NL63， HCoV-NL63）阳性样本进行病毒全基因组序列测定和分析。方法以荷兰株（NL63_Amsterdam 1）为参考株，设计18对包含重叠区域的、覆盖全长基因组的引物，采用病毒RNA提取、RT-PCR分段克隆测序的方法获得NL63国内株全长基因组序列；通过与其他毒株的比对分析，构建其系统发生树。结果NL63国内株基因组全长27538 bp，与参考株核苷酸相似性为99．1％，其中在1a区有连续15个碱基的缺失。系统发生分析表明，NL63目前可分为A型、B型、C型和D型共4个基因型，而国内株处在新的基因型（ D型）。结论本研究首次获得了两株NL63国内分离株的全基因组序列，进一步阐明了基因组的结构特征，对其遗传进化作了系统分析，为国内NL63病毒的分子流行病学研究提供参考。

关键词：HCoV-NL63、全基因组测序、系统发生分析

分类号：R51;S85

资助基金：国家重点基础研究发展计划973计划2011CB504704；科技重大专项十二五计划2013ZX10004601，2011 ZX10004-001

在线出版日期：2014-07-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：411-416