大肠杆菌质粒解离后致死基因分布及多态性分析

摘要：

目的 通过对来自不同年份大肠杆菌质粒DNA序列进行高通最测序,从质粒基因组水平分析大肠杆菌质粒DNA所携带的解离后致死基因的种类、数量以及多态性.方法 收集4年临床分离非重复的320株大肠杆菌.菌株分为两个部分,碱裂解法提取全部质粒DNA,Solexa测序获得大规模的短序列.采用比较基因组学方法分析两个样本所含的解离后致死基因类型及丰度的差异,研究解离后致死基因存在的核苷酸多态位点.结果 测序法获得两批数据,E1短序列总数为11 077 768,可以定位到参照序列上为5019(0.045%).E2短序列总数为9 377 792,可以定位到参照序列上是4952(0.053%).两个样本中共有9个解离后致死基因型,其中hok基因丰度最高.5个基因型共发现29个单核苷酸多态性(SNPs)位点,约33%为非同义突变.同一个位点的A、G二核苷酸多态现象常见.结论 已知的大肠杆菌解离后致死基因的9个基因型,在温州地区分离的大肠杆菌质粒上均有发现,其中hok基因出现频率最高,共5个基因型存在多态性.

关键词：大肠杆菌、质粒、解离后致死基因、单核苷酸多态性

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分类号：R392.7

资助基金：浙江省科技计划项目2009C33040;2008C23074;温州市科技计划项目H20100022;S20090002;浙江省自然科学基金资助项目Y2110204

在线出版日期：2011-09-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：421-424