Solexa测序法研究肺炎克雷伯菌质粒基因组的耐药基因

摘要：

目的 通过Solexa高通量测序法研究肺炎克雷伯菌的质粒与耐药性的关系.方法 菌株为7年临床分离的206株肺炎克雷伯菌.提取所有菌的全部质粒DNA,Solexa高通量测序获得大规模的短序列.SOAP软件对质粒基因进行分析拼接,分析结果与相关数据库进行比对.MAQ软件分析质粒基因组包含的超广谱β-内酰胺酶(ESBL)多样性及单核苷酸多态性(SNP)情况.结果 肺炎克雷伯菌质粒基因组中已知的直接与耐药相关的基因就有13种.质粒基因组中存在多个ABC主动外排转运系统.发现4种编码β-内酰胺酶的ORF,其中SHV型ESBLs分布最广.系统分析了206株肺炎克雷伯菌质粒基因组中SHV型ESBLs的SNPs位点,发现存在着大量的非同义替换SNPs位点.结论 发现质粒中SHV型ESBLs基因可能受到选择压力,存在着大量的非同义替换SNPs位点.肺炎克雷伯菌质粒存在外排药物耐药方式,从而形成低水平的非特异多重耐药.

关键词：肺炎克雷伯菌、质粒基因组、Solexa测序、SHV-ESBL

所属期刊栏目：29

分类号：R4(临床医学)

资助基金：浙江省自然科学基金Y2081093;浙江省科技计划项目2008C23074

在线出版日期：2010-03-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1140-1143