分枝杆菌简单序列重复区间分型方法的研究

摘要：

目的 构建分枝杆菌简单序列重复区间(inter-simple sequence repeat,ISSR)分型系统,为结核分枝杆菌的基因分型、菌种鉴定以及流行病学的研究提供新的研究工具和研究思路.方法 根据结核分枝杆菌基因组中简单重复序列(SSR)的丰度和频率,设计用于分枝杆菌基因分型的ISSR引物,以分枝杆菌属的DNA为材料,分析DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶的含量以及退火温度对ISSR-PCR扩增结果的影响,构建分枝杆菌的ISSR分型体系,并通过该体系筛选获得扩增结果稳定、多态性强的引物.结果 经过优化实验建立了分枝杆菌ISSR-PCR最佳反应体系,20 μl的PCR反应液含有的组分和终浓度分别为:10 ng模板DNA,1 U Taq酶,0.5μmol/L引物,1.5 mmol/LMgCl2,0.2 mmol/L dNTPs.利用该反应体系从10个ISSR引物中,筛选出了3个稳定性高、重复性好的引物,对分枝杆菌属28个菌种的标准菌株及52株结核分枝杆菌临床分离株进行了ISSR遗传多样性分析.结果 显示,28个分枝杆菌菌种,除了结核和牛分枝杆菌之间具有较高的相似性,两两之间存在着高度的遗传多样性;52株结核分枝杆菌菌株在用ISSR进行分型时,大部分菌株表现出了较高的遗传相似性.结论 建立了分枝杆菌属的ISSR分型体系.

关键词：简单序列重复区间、优化、遗传多样性、分枝杆菌

所属期刊栏目：28

分类号：R3(基础医学)

资助基金：上海市科委资助项目06ZR14092;上海市科委研发公共服务平台建设专项基金08DZ2291500

在线出版日期：2009-03-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1116-1120