评价全血DNA二代测序共有序列在人类免疫缺陷病毒优势准种研究中的准确性

摘要：

目的 评价二代测序共有序列对人类免疫缺陷病毒(HIV)优势准种分析的代表性和准确性.方法 共收集29个HIV感染病例的32份全血样本,其中3个病例在随访期间发生耐药,分别采集治疗前和耐药后的两份样本.提取样本DNA,分别用二代测序和一代测序方法测定HIV pol区扩增产物序列.利用软件Sequencher(4.10.1)和Bowtie 2(v2.2.5)处理一代和二代测序数据,并利用自建分析脚本确定二代测序共有序列,利用Mega软件进行聚类分析,比较二代测序共有序列与一代测序序列的差异.结果 聚类分析结果 表明,90.6％(29/32)来自于同一样本的序列被聚类在同一分支上,平均可信度为95.5％;与一代测序序列结果 相比,二代测序平均每个碱基准确率为99.6％,完全不一致位点中碱基转换占81.6％(155/190),数量最多的为鸟嘌呤(G):腺嘌呤(A),共74个(占39.0％、74/190).结论 二代测序共有序列与一代测序序列具有较高的一致性,二代测序共有序列可用于HIV优势准种分析,具有较好的代表性和准确性.

关键词：一代测序、二代测序、人类免疫缺陷病毒、共有序列、优势准种

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资助基金："十三五"国家科技重大专项项目;国家自然科学基金

在线出版日期：2021-04-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：22-28