10.3760/cma.j.cn112866-20230512-00051
数字RT-PCR与荧光定量RT-PCR法检测草莓中甲型肝炎病毒
目的:建立甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)数字芯片式RT-PCR(dRT-PCR)方法并与real time RT-PCR(RT-qPCR)方法进行比较,选出适用于检测草莓中HAV的最佳方法。方法:提取HAV疫苗RNA,优化dRT-PCR的反应条件,评价其特异性;碱性洗脱-PEG浓缩法对草莓标本进行前处理后提取核酸,同时采用dRT-PCR与RT-qPCR方法,检测纯水或草莓基质中HAV疫苗RNA的敏感性、抑制率;比较人工污染草莓中HAV的回收率,并应用于市售标本中的检测。结果:确立了dRT-PCR反应的最适退火温度为60 ℃,最佳引物、探针浓度为0.4 μmol/L、0.4 μmol/L、0.2 μmol/L,特异度良好;两种检测方法检测HAV疫苗RNA在纯水或草莓基质中的敏感性没有明显差异,dRT-PCR的抑制率较低。dRT-PCR与RT-qRCR在检测较高浓度HAV污染草莓标本时的回收率分别为12.90±0.006%、30.12±0.02%;在检测较低浓度HAV污染草莓标本时的回收率分别为18.27±0.07%、10.85±0.03%,差异均具有统计学意义(
P<0.05)。对市售标本进行检测,两种方法检测结果均为阴性。
结论:本研究建立的dRT-PCR法,与RT-qPCR检测不同基质中的HAV RNA敏感性没有明显差异,但dRT-PCR对PCR反应抑制物有较好的耐受能力,在检测低浓度HAV时回收率较高。两种检测方法均可用于草莓中甲型肝炎病毒的定量检测,可根据具体实际情况进行选择。
草莓、甲型肝炎病毒、数字RT-PCR、实时荧光定量RT-PCR
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国家卫生健康委疾控专项131031103000200004;National Health Commission Disease Control Special Project131031103000200004
2024-01-30(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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