10.3760/cma.j.cn112866-20220226-00044
威海市一例输入性新型冠状病毒奥密克戎BA.2的全基因组测序分析
目的:结合高通量测序技术和生物信息学技术,从新冠肺炎感染者咽拭子标本中直接测定病毒基因组序列,并从基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(novel coronavirus 2019,2019-nCoV)的全基因组特征和变异情况,从而进行病毒的分型和溯源。方法:选取1例威海市境外输入性2019-nCoV感染病例的咽拭子标本,采用2019-nCoV全基因组序列捕获结合NGS高通量测序技术进行全基因组测序。所得测序数据使用病毒变异分析软件,进行序列拼接和变异位点分析;对病毒进行分型,并构建进化树,追踪病毒的潜在来源。结果:成功获得2019-nCoV的全基因组序列,基因组全长29 808 bp,平均测序深度达5 013.11×;全基因组共发生51处核苷酸突变,分布于8个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、E、M、ORF6、ORF7a和N);病毒分型结果显示病毒属于奥密克戎BA.2型;进化分析显示,该病毒序列与来自日本的参考株共同处于同一分支。结论:本研究构建的测序方法和分析结果可用于2019-nCoV的变异分析和病例溯源,对COVID-19疫情防控具有重要意义。
新型冠状病毒、高通量测序、奥密克戎BA.2
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2023-05-30(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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