高通量测序确定肠道病毒A71型感染致宿主细胞miRNA表达谱的改变

摘要：

目的:确定肠道病毒A71型(Enterovirus-A71，EV-A71)感染人扁桃体上皮细胞后miRNA表达谱的改变。方法:EV-A71以感染复数为1感染人扁桃体上皮细胞6 h后，采用Trizol提取总RNA，构建小RNA文库，在Illumina NextSeq 500平台进行高通量测序，处理数据后确定差异表达的已知和新型miRNA种类及其靶基因，进行基因本体和信号途径分析；使用psRNATarget预测具有潜在结合EV-A71基因组的差异表达的miRNA种类。实时定量RT-PCR检测差异表达miRNA的变化倍数。结果:通过高通量测序共鉴定61个已知差异表达的miRNA(下调21个、上调40个)和559个新型miRNA，新型miRNA具有典型的前miRNA的二级发卡结构。实时定量RT-PCR确定hsa-miR-517b-3p和hsa-miR-199a-5p的变化倍数与高通量测序结果基本一致。差异表达miRNA靶基因涉及到不同的生物学过程和信号途径。共鉴定出24个差异表达的miRNA(5个已知miRNA，19个新型miRNA)具有与EV-A71结合的潜在"种子序列"。结论:EV-A71感染人扁桃体上皮细胞后引起miRNA表达谱的显著改变，且差异表达的miRNA可能靶向结合EV-A71基因组进而调控EV-A71复制。

关键词：肠道病毒A71型、人扁桃体上皮细胞、miRNA、高通量测序

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资助基金：国家自然科学基金81702008;河北省自然科学基金H2018406024;河北省教育厅项目QN2019079;承德医学院科研项目KY2020002;National Natural Science Foundation of China81702008;Natural Science Foundation of Hebei ProvinceH2018406024;Hebei Education Department ProjectQN2019079;Chengde Medical University ProjectKY2020002

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

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