甘肃省境外输入新型冠状病毒基因组特征分析

摘要：

目的:揭示甘肃省境外输入新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)病例新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)基因组特征及变异情况，为全省COVID-19疫情防控工作提供科学参考。方法:收集2020年甘肃省来自7个国家的输入COVID-19病例呼吸道标本，采用二代测序技术进行基因组测序，获得的全基因组序列进行比对和分析，使用MEGA软件基于邻接法构建系统进化树。结果:共获得46条长度为29 605~29 903 bp的2019-nCoV基因组序列，与武汉参考株(GenBank序列号：NC_045512.2)对比分析发现，甘肃省入境病例的2019-nCoV全基因组序列核苷酸突变位点数的中位数(最小值~最大值)为10(7~24)个。甘肃省7个入境国家的所有2019-nCoV全基因组序列中，共发现134个核苷酸突变位点，分布于11个开放阅读框(open reading frame, ORF)。不同蛋白中核苷酸变异前3：ORF1ab(78)、S(20)、N(12)，134个核苷酸突变中，有82个导致氨基酸突变，且均为错义突变，未见插入或缺失突变类型；不同蛋白中氨基酸变异前3：ORF1ab(46)、S(11)、N(10)；S蛋白的受体结合域(receptor binding domain, RBD)关键位点均未发生变异。结论:甘肃省境外输入病例中尚未发现2019-nCoV传播力和致病性相关变异位点。

关键词：新型冠状病毒、基因组、系统进化分析、变异

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资助基金：国家重点研发计划2020YFC0840800;国家十三五科技重大专项2017ZX10103006001, 2017ZX10104001;甘肃省青年科技人才托举工程项目GXH20200626-06;甘肃省卫生行业科研计划项目GSWSKY2017-28;The National Key Research and Development Program of China2020YFC0840800;Science and Technology Major Projects of China2017ZX103006001, 2017ZX104001;Gansu Provincial Youth Science and Technology Talent Support ProjectGXH20200626-06;Gansu Provincial Health Industry Research Program ProjectGSWSKY2017-28

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：687-693