青海省一株柯萨奇病毒B5分离株全基因组分析

摘要：

目的:对2018年青海省一例流感样病例中分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)分离株QH/CVB5/2018进行全基因组测序及遗传特性分析。方法:采用二代高通量测序对QH/CVB5/2 018分离株进行全基因组序列测定，利用SPAdes、DNAStar 7.1、MEGA 6.0、Simplot 3.5.1以及RDP4软件对病毒进行全基因组序列拼接以及遗传进化、基因重组和氨基酸突变分析。结果:QH/CVB5/2018全基因组核苷酸序列长度为7 369 bp，编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白。基于基因组的序列同源性和系统进化分析，显示QH/CVB5/2018与417/JS/CHN/2013同源性最高，核苷酸序列一致性为96.9%(氨基酸序列同源性为99.5%)；基于VP1序列的系统进化分析显示QH/CVB5/2018处于CVB5-C基因型；重组分析显示QH/CVB5/2018可能为CHN_SH/CVB5/2008和CHN_YN-CVB3/2009的重组株，重组发生在6 114～7 199 bp；氨基酸突变位点分析显示，相比于其他CVB5毒株，139S、864S、1086R、1693C、1814D和1819N为QH/CVB5/2018特异突变位点。结论:QH/CVB5/2018分离株属于柯萨奇病毒B组5型的C组基因型，可能为重组株。

关键词：柯萨奇病毒B组5型病毒、全基因组、进化分析、重组分析

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资助基金：长治医学院博士启动基金BS201912;青海省卫生计生系统重点课题2017-wjzd-07;国家科技重大专项2017ZX10103006;Doctor Research Startup Foundation of Changzhi Medical CollegeBS201912;Key Project of Qinghai Health and Family Planning Commission2017-wjzd-08;National Science and Technology Major Project of China2017zx10004-208

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：441-447