东南亚十二节段双链RNA病毒的分子进化及基因组结构特征分析

摘要：

目的:了解东南亚十二节段双链RNA病毒(South-East Asian dodeca RNA viruses，Seadornavirus)的分子进化规律及遗传差异。方法:基于Seadornavirus衣壳蛋白基因组序列进行同源性、系统进化、理化性质、抗原表位预测以及三级结构和表面电荷分布的分析。结果:Seadornavirus的最近共同祖先大约于2 359年前，分为3个进化簇，其进化时间分别为约距今1 338、499、253年前，其平均核苷酸替换率为3.6×10
－4n/s/y。Seadornavirus 3种病毒之间的核苷酸与氨基酸同源性分别是31.3%～100%(μ＝68.0%)和11.9%～100%(μ＝56.0%)。理化性质和抗原表位分析显示，版纳病毒(Banna virus, BAV)衣壳蛋白为酸性疏水性蛋白质，存在6个B细胞表位和2个Th抗原表位，而辽宁病毒(Liaoning virus, LNV)和卡迪皮诺病毒(Kadipiro virus, KDV)为碱性亲水性蛋白质，分别存在3和5个B细胞抗原表位，其中LNV仅有1个Th抗原表位，KDV病毒则不存在。三级结构以及蛋白表面电荷分析显示，Seadornavirus的α螺旋和β折叠各不相同，并且BAV有2个明显的带正电荷区域和2个带负电荷的区域，LNV只有1个带正电荷区域，KDV则有2个带正电荷区域。
结论:Seadornavirus进化速率快，并且其基因组、衣壳蛋白抗原表位、理化性质、三级结构等具有较大的差异。

关键词：东南亚十二节段病毒属、版纳病毒、辽宁病毒、Kadipiro病毒

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资助基金：国家自然科学基金81301479;传染病预防控制国家重点实验室自主研究开放课题2018SKLID309;湖北省健康委员会科研项目WJ2019Q060;National Natural Science Foundation of China81301479;Independent Research and Open Project of State Key Laboratory of Infectious Disease Prevention and Control2018SKLID309;Scientific Research Project of Health Commission of Hubei ProvinceWJ2019Q060

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：256-263