2012-2017年甘肃省感染儿童中呼吸道合胞病毒的分子流行特征

摘要：

目的 了解甘肃省感染儿童中呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)的基因分型和变异变迁情况,掌握RSV的分子流行特征,预测RSV的流行型别与基因型.方法 2012-2017年从甘肃兰州、白银、张掖、天水、陇南等5个市哨点医院共收集到4 556份10岁以下急性呼吸道感染住院患儿的标本.使用实时荧光PCR方法检测获得RSV阳性的标本.再使用RT-PCR方法扩增RSV阳性标本的G蛋白编码基因全长进行测序,用DNAStar和MEGA 6.0等生物信息学软件进行序列拼接、比对、基因亲缘性和氨基酸变异特点等分析.结果 荧光PCR法共检测出1 135份RSV阳性标本,总体阳性率为24.91％,其中共获得216条G蛋白序列;根据G蛋白第二高变区的靶基因特征分析,甘肃省2012-2017年间RSV A亚型流行基因型包括NA1、NA3和ON1,G蛋白编码全长序列核苷酸同源性为84.9％ ～ 100％,氨基酸同源性为77.3％～100％,与原型株long株的核苷酸和氨基酸同源性分别为81.2％～83.3％和74.1％ ～ 88.0％.RSV B亚型流行基因型为BA9,G蛋白编码全长序列核苷酸同源性为97.7％ ～ 100％,氨基酸同源性为95.8％ ～100％,与原型株CH18 537株的核苷酸和氨基酸同源性分别为84.9％ ～ 85.7％和77.9％ ～ 80.1％.结论 本研究系统分析了2012-2017年甘肃省5市RSV A、B亚型G蛋白编码基因特征及氨基酸变异情况,为RSV病原研究以及感染控制提供依据.

关键词：呼吸道合胞病毒、G蛋白、基因特征、分子流行

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资助基金：国家科技重大专项;2015年甘肃省卫生行业科研计划

在线出版日期：2020-04-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：586-592