应用宿主应答分析与VSITA宏基因组测序技术在疑似脑炎患者脑脊液中检出病原体

摘要：

目的 对5份疑似脑炎患者的临床脑脊液中可能存在的病原体进行检测.方法 同时采用随机扩增方式与病毒序列非依赖性的病毒靶向富集技术(virus sequence independent targeted amplification,VSITA)对5份脑脊液中的病毒病原进行样本制备,然后进行宏基因组二代测序,同时分析宿主转录组.最后结合定量PCR验证所检测到的病原.此外,比较两种样本制备方法的富集效率.结果 通过高通量测序结合宏基因组分析的方法在3份脑脊液样本中检出巨细胞病毒(cytomegalovirus,CMV)核酸序列,定量PCR验证为弱阳性(Ct值分别为30.23、32.83、34.8);转录组分析后的差异基因集进行功能富集后结果提示宿主CMV感染通路(Human cytomegalovirus infection)上调(P=0.213).病毒靶向扩增建库的测序结果优于随机方法(P=0.096).结论 差异分析结果显示宿主对于CMV感染通路的表达有所提升,进一步证明了该疑似脑炎患者脑脊液中存在CMV感染.

关键词：脑炎、病毒靶向富集技术、宏基因组测序、宿主应答、巨细胞病毒

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资助基金：国家传染病重大专项2018ZX10711001、2017ZX10104001and 2018ZX10713-002;China Mega-Projects for Infectious Disease2018ZX10711001,2017ZX10104001and 2018ZX10713-002

在线出版日期：2019-07-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：231-235