云南省2010-2013年病毒性脑膜炎病例中埃可病毒30型的VP1基因特征分析

摘要：

目的 对云南省2010-2013年病毒性脑膜炎(viral meningitis,VM)病例中分离到的9株埃可病毒30型(echovirus 30,E-30)VP1编码序列基因特征进行分析.方法 对云南省2010-2013年VM病例中分离到的9株E-30病毒的VP1区进行基因扩增和测序;从GenBank下载E-30病毒参考株(reference)和原型株(prototype) VP1编码序列作为参考序列,用MEGA5.1软件计算9株病毒之间及它们与原型株和参考株之间的核苷酸(nucleotide,nt)和氨基酸(amino acid,aa)差异率,并构建系统进化树,进行VP1编码序列基因特征和分子流行病学分析.结果 2010-2013年云南省从553例VM病例中共分离到79份肠道病毒(enterovirus,EV),其中E-30病毒9株,占11.39％ (9/79),E-30的阳性检出率为1.63％ (9/553).基因特征分析表明,E-30病毒可分为A、B、C、D基因型(genotype),D基因型又分为7个亚型,本次云南的E-30病毒分离株均为D7基因亚型(sub-genotype D7),9株病毒分布在3个不同的进化分支中.其中,5株2010年7月下旬分离到的病毒形成1个单独的进化分支,结合流行病学分析,这些病毒株可确定为引起当年昆明市周边地区一起E-30 VM暴发流行的病因;2011年的1株E-30病毒和2013年分离株与2010年云南省边境健康儿童分离株共同形成了第2个进化分支,3株E-30病毒之间亲缘较近,具有同一进化来源,以上2个分支均为云南省特有的进化分支;2011年的另外2株病毒则和2003年中国山东、江苏、浙江省VM暴发流行时分离到的病毒形成了第3个进化分支,这些病毒株可能具有同一进化来源.结论 本次云南的9株E-30病毒分离株均为D7基因亚型,但9株病毒具有不同的进化来源,可见不同时间E-30病毒的同一基因亚型进化分支可在不同地区间流行.

关键词：埃可病毒30型、VP1基因、基因特征分析

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在线出版日期：2019-06-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：158-162