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10.3760/cma.j.issn.1003-9279.2019.02.008

诺如病毒GⅡ.4型济南JN010株基因组特征分析

引用
目的 分析诺如病毒(Novirus,NoV) GⅡ.4型济南JN010株基因组序列及其特征.方法 根据文献并结合PrimerSelect软件设计7对引物,利用RT-PCR方法获得NoV济南JN010株全基因组序列,应用Lasergene7.1、MEGA5.2等软件对基因组序列进行遗传进化、同源比对分析,建立ORF1及ORF2基因系统进化树.并根据VP1氨基酸序列进行突变分析.结果 NoV JN010株基因组序列全长7 516 bp,为GⅡ.Pe/GⅡ.4基因型,属于GⅡ.4 Sydney 2012变异株.突变位点主要发生在VP1的P2区,其中抗原表位A及与组织血型抗原(histo-blood group antigens,HBGAs)结合位点A处发生R297H突变,毗邻抗原表位A位点发生I293N和H373N突变.根据ORF1基因序列,JN010株与日本Osaka源病毒株(GenBank登录号LC066046)亲缘关系较近;根据ORF2基因序列,与广东中山源病毒株(GenBank登录号KY407064)亲缘关系较近.结论 NoV JN010株VP1在抗原表位A及与HBGAs结合位点发生突变,可能影响其抗原性及与HBGAs结合的特异性.

诺如病毒、GⅡ.4型、基因组、系统进化分析

33

2019-06-03(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)

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中华实验和临床病毒学杂志

1003-9279

11-2866/R

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2019,33(2)

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