基于全基因组和准种序列分析3株HAV流行株基因特征

摘要：

目的 分析3株甲肝病毒(hepatitis A virus,HAV)流行株全基因组和准种序列特征.方法 收集某地3例急性期甲肝患者血清标本,经病毒核酸提取、逆转录、分段巢式PCR,获得HAV近全长序列,并对全长VP1-2 A区进行克隆测序.结果 VP1-2 A连接区分型结果表明3株HAV均属于IA亚型,3株序列在此区核苷酸和氨基酸同源性为100％;全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为99.9％ ～ 100％和100％,与GenBank中日本AH2株同源性最高(核苷酸、氨基酸同源性为98.5％和99.7％);在已发表的抗原中和位点处未出现氨基酸变异.每株流行株全长VP1-2 A区克隆序列内、以及所有克隆序列间,核苷酸和氨基酸同源性分别为99.0％ ～ 100％、98.1％～100％和99.0％～100％、97.2％ ～ 100％,VP1-2 A连接区的核苷酸和氨基酸变异率高于部分VP1区.结论 3株流行株VP1-2 A连接区分型序列一致,全长基因组及准种序列间核苷酸、氨基酸序列同源性较高,推测可能为同源感染.本研究为甲肝病毒在传播过程中的遗传变异特点及溯源调查提供参考依据.

关键词：肝炎病毒、甲型、分子流行病学、克隆测序、准种

所属期刊栏目：32

在线出版日期：2018-06-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：150-154