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10.3760/cma.j.issn.1003-9279.2017.06.004

广西猕猴中发现GⅡ.17型诺如病毒及其全基因组序列分析

引用
目的 了解广西省龙虎山猕猴粪便标本中的GⅡ.17型诺如病毒的流行情况、基因结构和进化特征.方法 2015年3月~8月收集400份野生猕猴粪便标本,利用建立好的HISEQ高通量测序技术在粪便标本中发现了GⅡ.17型诺如病毒,命名为GX213.采用反转录-聚合酶链反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)技术对其进行了序列鉴定、全长扩增和检测研究,并对三个开放阅读框(Open reading frames,ORFs)进行了序列和遗传进化分析.结果 筛查结果显示阳性率为0.5% (2/400).诺如病毒GX213毒株基因组全长为7 565 bp(包括PloyA尾),其基因组分为三个ORFs:ORF1(10~5112nt)、ORF2(5093 ~ 6715 nt)和ORF3(6715 ~ 7494nt),其中ORF1与ORF2之间重叠20 bp,ORF2和ORF3之间重叠1 bp.GX213病毒株全基因组序列分析显示,其与引起2014年至2015年亚洲部分地区暴发的新型人GⅡ.17型诺如病毒变异株CUHK-NS-613(GenBank ID:KU561248)同源性最高(同源性最高为99.5%).ORF1和ORF3区核苷酸和氨基酸序列都与CUHK-NS-613同源性最高(分别为99.5%,99.4%;99.5%,99.2%).ORF2区分析序列发现其与CUHK-NS-491毒株(GenBank ID:KP698928)同源性最高,核苷酸和氨基酸同源性分别为99.4%和99.8%,仅P1.1区发现了一个氨基酸的突变aa245P→S.另外,RdRp核苷酸和VP1氨基酸序列进化树分析显示该病毒株与人GⅡ.17型诺如病毒CUHK-NS-613和CUHK-NS-491的进化关系最近,而与首次被发现的猴GⅡ.17型诺如病毒KM1509(GenBank ID:KX356908)次之.结论 本研究发现的GX213属于2014年至2015年在亚洲地区引起暴发的新型人GⅡ.17型诺如病毒变异株,提示GⅡ.17型诺如病毒为人猕猴共患病毒.

猕猴、诺如病毒、GⅡ.17型、进化分析

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S86;S85

国家自然科学基金81290345;生物安全重点研发2016YFC1201904National Natural Science Foundation of China81290345;Research and Development of Biosafety2016YFC1201904

2018-02-05(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)

共6页

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中华实验和临床病毒学杂志

1003-9279

11-2866/R

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2017,31(6)

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