1例上呼吸道感染病例的高通量测序病原鉴定

摘要：

目的 以高通量测序技术对1例上呼吸道感染病例的可能病原进行鉴定并对样品前处理方法进行优化.方法 以核酸酶和/或核糖体RNA探针杂交预处理患者咽拭子样本,非序列依赖单引物扩增(sequence-independent single primer amplification,SISPA)后制备测序文库,利用MiSeq高通量测序,对测序结果进行生物信息分析及Real time RT-PCR验证.结果 测序reads经拼接后与病毒数据库比对发现存在乙型流感病毒序列,进化分析该毒株属于Yamagat系一株新的变种,核酸酶结合核糖体RNA探针杂交处理样本可提高高通量测序目标序列数及覆盖率.结论 应用核酸酶和/或核糖体RNA探针杂交处理样本结合高通量测序技术可用于快速高效地鉴定不明原因感染的病原.

关键词：流感病毒,乙型、高通量测序、SISPA、核酸酶、核糖体RNA

所属期刊栏目：30

资助基金：江苏省重大新发传染病综合防控科技示范工程BE2015714;江苏省“333”人才;江苏省自然科学基金BK20141030;艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治2012ZX10004401-006 Science & Technology Demonstration Project for Emerging Infectious Diseases Control and Prevention of Jiangsu ProvinceBE2015714;333 Outstanding Projects of Jiangsu Province;Natural Science Foundation of Jiangsu Province of ChinaBK20141030;National Major Science & Technology Projects for Infectious Disease Control and Prevention2012ZX10004401-006

在线出版日期：2016-11-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：421-424