两种等温扩增技术在二代测序病毒鉴定中的应用

摘要：

目的 评估两种等温扩增方法在二代测序(Next generation sequencing,NGS)病毒鉴定中的应用,为利用二代测序进行病毒鉴定提供参考.方法 选取了两份病原已知的重症肺炎病人咽拭子,分别采用单引物等温扩增(Single primer isothermal amplification,SPIA)和多重置换等温扩增(Multiple displacement amplification,MDA)的方法进行反转录扩增.扩增产物进行NGS测序和宏基因组学分析.结果 SPIA扩增产物片段较短,扩增效率较低;而MDA扩增的产物片段较长,扩增效率也高.SPIA法在两份样本中均检测到目标病原,且目标病原基因组覆盖度较高.MDA在其中一份样本中未能检测出目标病原.结论 SPIA与MDA扩增方法均可用于NGS病原鉴定.SPIA法扩增效率较低,成本较高,但检测病原的能力高于MDA.

关键词：等温扩增、下一代测序、病原鉴定

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资助基金：“十二五”重大传染病专项“人感染新型流感防控技术研究2014ZX10001002Chinese National Key Program of Mega Infectious Disease of the National 12th Five-Year Plan 2014ZX10004002

在线出版日期：2016-06-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：228-230