一种新型冠状病毒基因的克隆和序列分析与传染性非典型肺炎病原学的调查

摘要：

目的探讨冠状病毒感染与传染性非典型肺炎发病的关系,分析冠状病毒基因序列变异的临床意义,建立诊断冠状病毒变异株感染的分子生物学方法.方法收集非典型肺炎(SARS)患者的不同临床标本,采用PCR技术分别进行衣原体、甲肺炎病毒以及冠状病毒等的基因检测.以冠状病毒相对保守的依赖RNA的RNA多聚酶基因为靶基因,采用Nested RT-PCR技术从非典型肺炎患者的鼻咽吸取物标本和漱喉液标本中扩增出冠状病毒基因,将PCR产物直接克隆到T载体,进行序列测定,进一步比较不同分离株间的核苷酸和氨基酸序列同源性.结果在27例非典型肺炎患者中检出冠状病毒基因阳性6例,阳性率为22.2%.而在15例健康对照中,全部阴性.采用BLAST软件将所获得的冠状病毒的基因序列与基因库(GenBank)登记的序列比较,结果显示本次分离克隆的冠状病毒基因与既往报道的所有冠状病毒在核苷酸水平没有相关性,核苷酸同源性最高不超过40%.但在氨基酸水平的同源性为80%左右(70%～82%).从不同患者中分离的冠状病毒基因之间在核苷酸水平的同源性在98%以上.与刚刚公布的加拿大、中国香港、英国等SARS冠状病毒的核苷酸序列同源性在99%以上.结论相当部分非典型肺炎患者存在冠状病毒的感染,提示本次的非典型肺炎发病与感染冠状病毒有关.序列分析结果表明从本次非典型肺炎患者中分离的冠状病毒为一种新的冠状病毒,并与世界其他地区分离的SARS冠状病毒同源性达99%以上.以RNA多聚酶为靶基因Nested RT-PCR技术可以用于诊断这一新种冠状病毒感染.

关键词：肺炎、病毒性、严重急性呼吸综合征、冠状病毒OC43、人、逆转录聚合酶链反应

所属期刊栏目：17

分类号：R37(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

在线出版日期：2004-03-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：137-139