基于单细胞测序数据分析脑胶质瘤微环境中反应性星形细胞的转录组学特征

摘要：

目的 基于单细胞RNA测序数据分析脑胶质瘤微环境中反应性星形细胞的浸润程度,并探讨其转录组学特征.方法 基于GSE103224数据集(23 793个细胞)和GSE138794数据集(20 278个细胞)的脑胶质瘤单细胞RNA测序数据,应用R软件"Seurat"包分析特征表达基因.基于已建立的肿瘤相关反应性星形细胞特征基因,应用"Seurat"软件包中的"AddModuleScore"命令,计算每个细胞的特征基因表达评分,将表达评分显著升高者定义为肿瘤相关反应性星形细胞亚群(即目标亚群).并应用"Seurat"软件包中的"FindMarkers"命令,计算目标亚群间的差异表达基因[差异倍数＞2.0倍(高表达)或＜0.5倍(低表达),校正P＜0.05].分析2个数据集中目标亚群相交集的上调基因,并参照DAVID数据库对上调基因进行功能注释功能富集.结果 依据细胞特征基因表达,GSE103224和GSE138794数据集的细胞均可分为26个亚群,分别有4个和5个亚群为目标亚群,目标亚群的细胞数分别占总细胞数的15.6％(3 712/23 793)和16.5％(3 347/20 278).差异分析显示,GSE103224数据集中的4个目标亚群与其他亚群间存在229个差异基因,其中上调基因136个,下调基因93个;GSE138794数据集中,5个目标亚群与其他亚群间存在422个差异基因,其中上调基因270个,下调基因152个.2个数据集有交集的上调基因94个,下调基因50个.基因功能注释结果显示,有交集的94个上调基因与37个基因功能显著相关(FDR＜0.05),主要包括免疫反应、小胶质细胞激活、ERK通路、肿瘤坏死因子通路、凋亡通路等.结论 单细胞分析结果显示,脑胶质瘤微环境中普遍存在肿瘤相关反应性星形细胞,其功能可能与脑胶质瘤发生、发展过程中的免疫反应、ERK通路等相关.

关键词：神经胶质瘤、转录组、单细胞分析、星形细胞、肿瘤微环境

所属期刊栏目：39

分类号：R737.11;R329.2;R541.4

资助基金：国家自然科学基金81802483

在线出版日期：2023-07-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：607-611