焦磷酸测序检测TERT启动子突变方法的建立及其在脑胶质瘤中的应用

摘要：

目的:建立端粒酶反转录酶(TERT)启动子突变的焦磷酸测序方法，验证其用于脑胶质瘤的可行性。方法:以TERT启动子野生型和突变型质粒为参考标准品，混和为待测核酸样本(预设突变率分别为0%、5%、10%、25%、50%和100%)；采用焦磷酸测序方法进行检测，以3次检测均值作为检测突变率。采用Pearson相关分析法进行检测突变率与预设突变率的相关性分析。收集2020年4—6月由北京市神经外科研究所分子病理室诊断为脑胶质瘤的120例患者的甲醛固定石蜡包埋(FFPE)切片样本；其中40例经二代测序检测，TERT启动子野生型17例，C228T突变型19例，C250T突变型4例。对120例样本进行扩增和焦磷酸测序，检测TERT启动子突变情况；计算不同病理类型脑胶质瘤患者中TERT启动子突变率，即突变型/(野生型+突变型)。采用Kappa一致性检验法比较40例样本的焦磷酸测序结果与二代测序结果。结果:TERT启动子标准品检测结果显示，碱基检测峰的位置及峰高清晰，碱基单峰信号值均超过30；相关性分析结果显示，C228T和C250T的检测突变率与样本预设突变率呈线性正相关(
Y＝0.843
X+22.317，
r2＝0.80，
P＝0.010)。脑胶质瘤FFPE样本的焦磷酸测序检测结果显示，120例样本中，65例为TERT启动子野生型，55例为TERT启动子突变型；突变型中，以C228T突变为主43例，C250T突变12例。星形细胞瘤，IDH突变型患者中，TERT启动子的突变率为6.7%(2/30)；少突胶质细胞瘤，IDH突变伴1p/19q联合缺失患者中，TERT启动子的突变率为91.3%(21/23)；胶质母细胞瘤，IDH野生型患者中，TERT启动子的突变率为47.8%(32/67)。焦磷酸测序法与二代测序法检测TERT启动子突变的一致性好(39/40，Kappa值为0.96,
P<0.001)。
结论:采用焦磷酸测序平台检测法判断脑胶质瘤标本TERT启动子突变状态具有可行性，与二代测序法检测结果的一致性好。

关键词：神经胶质瘤、基因检测、焦磷酸测序、端粒酶反转录酶启动子突变

所属期刊栏目：39

资助基金：国家自然科学基金82003193;National Natural Science Foundation of China82003193

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：172-176