基于转录组测序数据构建脑胶质瘤Cox比例风险回归模型

摘要：

目的:基于肿瘤基因组图谱(TCGA)计划数据库构建脑胶质瘤Cox比例风险回归模型，并在中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库中验证，探讨该模型对预后的评估价值。方法:回顾性分析TCGA数据库中668例脑胶质瘤患者(试验组)、CGGA数据库中619例脑胶质瘤患者(验证组)的临床资料及其胶质瘤组织RNA测序数据，同时选取5例来源于TCGA数据库的正常脑组织样本的RNA测序数据作为对照。筛选TCGA数据库中脑胶质瘤与正常组织间的差异基因。在试验组中应用Cox回归方法建立风险模型。分别在试验组和验证组中，采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线、Log-rank法检验高、低风险患者的生存差异，采用单因素、多因素Cox回归分析法分析影响脑胶质瘤患者预后的因素；将独立预后因素纳入分析，绘制列线图。高风险组中高表达的基因用于基因本体(GO)功能富集分析。结果:试验组与验证组的年龄(<40岁或≥40岁)、性别、生存期差异均无统计学意义(均
P>0.05)，但世界卫生组织(WHO)肿瘤分级、病理类型分布、异柠檬酸脱氢酶1/2(
IDH1/2)突变率等差异均有统计学意义(均
P<0.05)。筛选出
SHD、
MRC2、
RPLP0P6、
HOXA5、
SULF2、
FOXJ1、
CDKN2A、
NKX2-5、
PLEKHA4及
CDK4共10个差异基因，用于构建Cox比例风险回归模型；模型风险值>0.646为高风险，≤0.646为低风险。试验组中高风险患者的1、3、5年生存率分别为66.6%、27.7%和17.8%，而低风险患者的1、3、5年生存率分别为98.4%、88.2%和73.6%；验证组中高风险患者的1、3、5年生存率分别为69.0%、40.1%和30.6%，而低风险患者的1、3、5年生存率分别为91.0%、76.7%和63.3%。试验组和验证组高、低风险患者生存期差异均有统计学意义(均
P<0.05)；单因素和多因素Cox回归分析结果显示，年龄≥40岁(
HR＝3.031，95%
CI：2.152～4.269，
P<0.001)、WHO肿瘤分级Ⅳ级(
HR＝1.961，95%
CI：1.494～2.575，
P<0.001)及Cox比例风险回归模型高风险(
HR＝3.100，95%
CI：1.915～5.020，
P<0.001)是影响预后的独立危险因素，用于构建个体化评估患者1、3、5年生存概率的列线图，其预测结果与患者预后匹配度高，一致性指数为0.844。GO功能富集分析结果显示，高风险组中高表达的基因与肿瘤的微环境、免疫调节等13项功能关系密切。
结论:基于转录组测序数据构建的Cox比例风险回归模型和列线图或可用于脑胶质瘤患者的预后评估。

关键词：神经胶质瘤、基因、预后、比例危险度模型

所属期刊栏目：36

资助基金：江苏省重点研发计划项目BE2019652;湖州市自然科学基金2018YZ01;Key Research and Development Program of Jiangsu ProvinceBE2019652;Natural Science Foundation of Huzhou2018YZ01

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：463-469