乳腺癌HOXA4基因甲基化的检测及其临床意义

摘要：

目的 探讨乳腺癌患者HOXA4基因启动子甲基化的情况及其与临床病理特征的相关性.方法 运用NEBNext?UltraTM RNA Library Prep Kit for Illumina?进行基因表达芯片测序,运用随机数字表法选择2014年深圳市宝安区妇幼保健院收治的9例乳腺癌患者,分析癌组织与相应癌旁组织异常差异表达的基因.运用Illumina Infinium HD Methylation 450K Assay进行DNA甲基化测序,分析乳腺癌甲基化差异基因.基于肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库信息,分析乳腺癌的差异表达基因和差异甲基化基因.挑选显著高甲基化与低表达的基因,结合生物信息学,确定HOXA4为候选基因.运用随机数字表法收集2014—2017年深圳市宝安区妇幼保健院收治的另外86例乳腺癌患者,采用焦磷酸测序法和RT-PCR,检测乳腺癌组织及其癌旁乳腺组织中HOXA4基因甲基化率和mRNA表达,用Fisher确切概率法分析甲基化率与患者临床病理特征的关系.用Cox比例风险模型进行风险因素的单因素和多因素分析.分别用0、0.5、1、5、10、20μmol/L的甲基化抑制剂RG108处理乳腺癌MCF-7细胞5 d后,检测HOXA4 mRNA的表达.结果 基因表达数据芯片分析发现在乳腺癌组织中有1680个显著上调的基因和1249个下调基因,整体水平上在不同区域乳腺癌患者甲基化水平较癌旁组织高(P均<0.001).86例乳腺癌组织中HOXA4基因的甲基化率为94％(81/86),其中,30例高甲基化,52例低甲基化;而在对应癌旁组织中,HOXA4基因甲基化率为57％(49/86),其中49例低甲基化,无高甲基化(P<0.001).有HOXA4甲基化组的癌组织样本中HOXA4 mRNA表达低于无HOXA4甲基化组的癌组织样本(P=0.003).HOXA4基因甲基化水平与乳腺癌淋巴结转移、ER表达有关(P=0.039、0.017).单因素分析结果显示患者的TNM分期、组织学分级、淋巴结转移及HOXA4甲基化是DFS的危险因素(RR=4.008,95％CI=1.296～12.393,P=0.016;RR=10.111,95％CI=2.607～39.217,P=0.001;RR=4.588,95％CI=1.201～17.523,P=0.026;RR=1.051,95％CI=1.007～1.098,P=0.024).多因素分析显示组织学分级是乳腺癌患者DFS的独立预后因素(RR=14.461,95％CI=2.429～86.100,P=0.003).采用不同浓度的RG108来处理MCF-7细胞后,各组HOXA4 mRNA表达比较,差异有统计学意义(χ2=4.472,P=0.029).结论 HOXA4基因启动子甲基化在乳腺癌的发生、发展中起着重要作用,有潜力作为新的分子生物学指标,用于乳腺癌临床诊断.

关键词：乳腺肿瘤、基因、HOXA4、甲基化

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分类号：R737.9(肿瘤学)

资助基金：深圳市科技计划资助项目JCYJ20150403105513703;广东省科技计划资助项目20150211;深圳市三名工程项目出生缺陷防治研究与转化团队项目201406007

在线出版日期：2019-09-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：225-233