黑素瘤相关DNA甲基化位点的初步筛查及异常甲基化谱的构建
目的:运用基因芯片技术筛查与黑素瘤相关的DNA异常甲基化位点,初步构建黑素瘤特异性甲基化谱。方法:采用Illumina Human Methylation 450K全基因组甲基化芯片对6例黑素瘤组织及其瘤旁组织标本进行全基因组DNA检测,得出差异DNA甲基化位点。采用Gene Ontology(GO)富集分析及KEGG_Pathway分析了解基因功能。结果:基因芯片检测结果显示,黑素瘤组织与瘤旁组织存在差异甲基化位点,共27 779个,其中16 673个为高甲基化位点,11 106个低甲基化位点。提高筛选条件为
P < 0.01、︳Δβ︳> 0.2,过滤掉所有单核苷酸多态性相关探针、位于XY染色体上的探针以及交叉反应的探针,共筛选得到4 883个差异甲基化位点,其中1 459(30%)个位于启动子区(包括TSS1500、TSS200、5′UTR、1st Exon)。GO富集分析显示,差异甲基化基因参与的生物学过程主要包括细胞生长、分化、黏附、运动迁移、信号转导及转录调控等。KEGG_Pathway分析显示,差异甲基化基因主要参与黏着斑、癌症通路、转化生长因子β信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、黑素生成、趋化因子信号通路、黏合连接、钙信号通路、细胞黏附分子、MAPK信号通路、Wnt信号通路、JAK-STAT信号通路。基于"启动子区高甲基化位点对应的前16个基因、出现甲基化频率最高(CpG位点≥ 7)的基因、具有一定的功能或参与某条信号通路"条件,选出8个基因(
KAAG1、
DGKE、
SOCS2、
TFAP2A、
GNMT、
GALNT3、
ANK2、
HOXA9)作为黑素瘤候选生物标志物。
结论:黑素瘤组织存在较多高甲基化基因,8个差异甲基化基因有可能作为黑素瘤的生物标志物。
痣和黑素瘤、表观基因组学、DNA甲基化、芯片分析技术、生物学过程、信号通路
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自治区创新环境(人才、基地)建设专项(人才专项计划——天山创新团队)2020D14006;Special Project for the Construction of Innovative Environment Talents, Bases in Xinjiang Uygur Autonomous Region Talent Special Plan - Tianshan Innovation Team2020D14006
2023-05-30(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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